主页:「恒达注册」:主页现在的我已经是大四了，本校保研选择了一个大牛导师，当初写的东西也是我在专业课后的一些思考，仅供大家参考，也欢迎讨论。

　　另外，我平时在个人公众号 小汪Waud 上更新生信学习笔记以及日常，欢迎大家关注。

　　今天要给大家分享的是我阅读英文文献的流程（个人习惯），顺便完成分子植物病理作业岂不美哉。

　　首先我们查它的影响因子，这里采用的是Scholarscope（一款网页小插件）。

　　得到该文章的影响因子（9.18），这已经算是病理学里水平非常高的文章了（想要了解在该领域的水平如何，需要平时多关注相关领域），同时还可以得到以下信息：

　　除了Scholarscope也可以采用GeenMedical根哥学术进行查询（根哥学术还自带SCI-HUB、论文润色、同类论文查询等多种功能）。

　　经过查询，我们知道该文章于2020年8月19日被电子发表（ePub，Electronic Publication的缩写，意为：电子出版），于2020年12月正式发表在期刊杂志上。

　　第一作者是田斌年（华中农业大学农业微生物学国家重点实验室、植物科学技术学院博士研究生），通讯作者是姜道宏老师，这咱就不用多说了，业内杠杠滴，不过质疑精神还是要有，万一推翻了姜老师的结论呢。

　　第二步，查研究者。同样是在Schorlarscope的界面，我们可以点击作者的名字查看最新相关文献，也可以前往ResearchGate查询~

　　近半年有两篇报道，而我们上面已经知道文章于2020年8月19日处于ePub状态了，对上了~点开就能看到介绍

　　当然，对于通讯作者的背景（是做什么方向的、拿到了哪些科研项目、最近比发表了什么文章），也是需要查询的，我们学校的老师尤其是我们学院的老师都是有完整介绍的，可以通过院网去找到他们的科研项目和发表著作等；对于外校的老师，大多也是可以在对应的机构（研究所或对应院校）找到的，需要注意的是很多课题组都是有自己的门户网站，可参考我们院棉花组以及浙大陈铭老师课题组网站。

　　我在阅读文献的时候，也不会完全看英文，而是采用知云文献翻译结合CNKI翻译助手及各大参考文献共同阅读，在保证论文原意的同时加快阅读速度。

　　很多软件包括大家使用的谷歌、百度、网易有道甚至知云，它的算法都不足以翻译出生物领域的内容，极容易错误的理解文章。比如下面

　　啪的一下，很快啊，我们结合前面的背景知识，从标题中立马就知道了该研究说的是在双子叶植物中是病原菌的核盘菌，却在谷物类作物中成为内生真菌，还可以保护植物受到其他病菌的侵害；严谨来讲应该是“揭示了世界性死体营养型病原真菌核盘菌可以在小麦、水稻、大麦和玉米等禾本科植物上内生生长，是禾本科植物的互惠性内生真菌，为寻找新型有益微生物资源控制病害提供了新的思路”。

　　这可改变了大家的常规思维，做病理的（尽管不是做核盘菌的）都知道，核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)是一种世界性分布的典型的死体营养型植物病原线年描述以来一直都是以毁灭性病原菌的面目出现，由其引起的菌核病是油菜上的首要病害，对油菜造成巨大的经济损失。

　　我看文献的时候，都会习惯性的在上面做一些标注（小何师兄培养的好！），也会有一些不常见单词的注释。从摘要中我们就能读出三点内容：

　　Introduction多包含一些综述性内容，前人在该领域做了什么东西，什么研究还不够完善，因此我们做了这些东西，如果不是特别重要的论文，个人觉得粗略过一下即可。

　　Materials and methods板块，个人觉得如果不去重复或者借鉴作者的操作，该部分可以省略；但如果是为了去进一步研究或者去理解图表，那该部分就要仔细看了。

　　小标题能够让你以最快的速度知道方法和结论，但小标题的最大缺点就在于其“小”，内容简练易懂，需要视情况判断是否要仔细看。

　　为什么要先去看图？对于刚接触文献的人来说，很多图都是看不懂的，我也是看了很多文献才慢慢积累了一点点皮毛，仍然有很多看不懂，但如果你有了积累以后，看文献速度就能大大提升，因为图往往能直接体现研究者的工作和结果。

　　我们从注释中可以知道采用了菌株DT-8VFRFP(菌株)以及小麦胚芽凝集素(WG,wheat germ agglutinin，一种生物素标记物)进行标记。

　　别着急！既然注释里没提到，那我们去别的地方定位一下，可以通过Ctrl+F直接检索，因为图表都是Fig.或者Table，很好找，也可以大致扫一遍文章。

　　这样我们就知道了图1a是mCherry荧光标记（我也不知道这是个啥方法，不过荧光标记的原理和作用大致相同），在这里是通过荧光来检测菌丝是否可以跑到小麦细胞里去。

　　Fig. b证明了菌核确确实实存在于小麦细胞中，而且根据箭头我们可以确定它们的位置。

　　Fig. c1-4则是说明菌丝在根细胞间隙和细胞内的分布和大小，而未接种小麦的根细胞和胞间均未观察到菌丝(补充图)，这些观察结果支持核盘菌在小麦根系中可以作为内生线及补充图说明不同毒力菌株均可侵染小麦。（这里都需要结合Results部分去看）由此，菌核菌在小麦根系上的内生生长不依赖于菌株，也不依赖于对敏感寄主的完全毒力。

　　总的来说，在温室中，DT-8VF和DT-8都比未处理的长得好(a-f)。

　　对于田间试验，DT-8处理的小麦生长明显好于未处理的小麦(g-m)。特别是千粒重显著增加(m)。

　　另外，其他测试菌株，无论是致病菌株还是真菌病毒介导的失活菌株，也能促进小麦生长(补充图)。因此，我们得出结论，对菌核菌来说，无论是致病菌株还是非致病菌株，都具有促进小麦生长、提高小麦产量的潜力。

　　接着，该研究又多次进行盆栽试验和田间试验，以研究内生核盘菌能否提高小麦对多种病害的抗性。

　　但需要注意的是，通过测定小穗中DON（真菌毒素）的含量，发现处理与对照无显著差异。

　　尽管如此，由于受感染的籽粒百分率显著降低，菌株DT-8显然提供了显著的潜力来减少DON(真菌毒素)在散装小麦籽粒中的积累。

　　不过为什么呢？我们都知道毒素是病原菌致病的主要原因之一，因此这里的机制还需要进一步深入研究。

　　在这个部分，通常会再说一遍研究得出了什么样的结论，这个部分之前已经清楚了，过一下即可。另外，该部分还包括我们的研究有什么用、对一些尚不明晰机制的推测、对自己研究的反思（我还有啥不足）以及其他研究者还可以做些什么，这对于开拓思维很有作用。

　　比如这里就说到，弱致病菌株和强病菌株都可以在小麦上生存，没有明显的差异，这表明核盘菌很可能通过未知的机制进入小麦和其他粮食作物，或者可能是致病因子，如草酸、植物细胞壁降解酶或效应型蛋白，这些因子在它们的双子叶寄主中具有，而在小麦和其他粮食作物中不存在的不可识别的靶标。

　　这里也提到，研究为大家提供了一种新思路，同时也表达出自己的担忧：在敏感寄主作物也广泛种植的地区，如果直接将菌核菌强毒株应用于麦田，存在潜在的风险。

　　为了降低这种风险，研究者采用了不能在田间其他敏感的寄主作物上引发任何疾病的由真菌病毒介导的菌株。由此也提出了具有应用前景的想法——在田间部署由真菌病毒介导的弱致病菌株。

　　但该想法存在技术瓶颈：如何将真菌病毒释放到田间，特别是那些难以克服寄主营养不亲和性的病毒？

　　当然，既然本研究发现致病菌可以是内生益菌，那么一些健康植物的内生菌在某些情况下是否可能是其他植物的破坏性病原物呢？（发文章的好机会！）

　　对于一篇需要精读的文献，你常常需要了解整个领域的前沿以及发展情况，所以仅仅通过该文献Introduction部分的综述部分是远远不够的，因此我们需要找到该领域的其他研究进行研读。

　　我们可以通过GeenMedical根哥学术、知网、Pubmed等查询相似文献，像知网还具有文章引用的一些小分析，看个人喜好选择。

　　找到创新点和不足是我觉得读一篇文献最重要的地方，也是你学习最快的方法，一旦找到了创新点和不足，说明你渐渐开始理解这篇文章。但是想要找到创新点和不足，也需要深入了解该领域的其他研究。

　　写这篇推文真的挺不容易，之前打算出一个查文献的推文，现在难产了。一是因为我平时用的数据库很多，不只局限于各个期刊官网、Pubmed、知网、等，也包括图书馆的很多数据库、老师、知乎、科研通（）等等，如果把所有东西都放上来，太多太多了，不过我多多少少会提一下，大家感兴趣的都可以去研究一下。二是对于一个每周都有的阅读作业来说，我不想花费特别多精力在上面，找到该文献的创新点以及你认为的不足之处就好。

　　读文献搞这么多花里胡哨的，说到底还是想用最少的时间得到最多想要的东西，工具再怎么更替升级也不如自己英语好来的实在，因此在看文献的时候也要多关注你所在领域的高频词，反复看反复查，就算你不会拼写，至少你再看到的时候能读懂意思，这就达到了效果~

　　所谓搞研究写论文，其实就是想要讲好一个故事，仔细思考一下，如果是你，你会怎样讲好这个故事？